User guide

vi Part # 11313539 Rev. B
Table of Contents
Chapter 4 Configuring iScan Control Software. . . . . . . . . . . . . 31
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .32
Omitting BeadChips from a Scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .33
Preventing Sections of a BeadChip from being Scanned . . . . . . . . . . . . . .34
Changing Scan Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .35
Creating a Custom Scan Settings File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .35
Applying a Custom Scan Setting to a BeadChip . . . . . . . . . . . . . . . . .36
Generating Normalized Data and Genotype Calls. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .37
Specifying Input and Output Paths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39
Verifying DMAP File Integrity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .40
Chapter 5 Scanning BeadChips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .42
Starting a Scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43
Monitoring the Scan Progress . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Progress Indicator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Status Bar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Information Bar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Image Preview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45
Pausing, Resuming, and Stopping a Scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .46
Completing a Scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .47
Chapter 6 Viewing Scan Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .50
Log Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51
Scan Metrics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .52
Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53
Selecting Images to View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53
Using the Toolbar Buttons to Adjust the Image . . . . . . . . . . . . . . . . . .54
Panning an Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .54
Zooming In and Out . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .54
Using the Control Bars to Adjust the Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .55
Generated Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .57
Image Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .58
Chapter 7 Shutting Down the iScan System. . . . . . . . . . . . . . . 59
Procedure Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .60
Ejecting BeadChips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .61
Closing the iScan Control Software. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .62
Shutting Down the iScan System Computer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63
Shutting Down the iScan Reader. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .64
Chapter 8 Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Handling Errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66
Viewing Error Details as they Occur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66
Reporting Errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66
Issue Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .68
Registration Issues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69