User guide

iScan System User Guide v
Table of Contents
Revision History . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . iii
Table of Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v
List of Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ix
Chapter 1 iScan System Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
Audience and Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
iScan System Components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
iScan Reader . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Dedicated Computer Workstation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
BeadChip Carriers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Power Cords and Other Accessories. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Consumables Required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Illumina-Supplied Consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
User-Supplied Consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
iScan System Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Lab Equipment Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Air Table Specifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Viewing iScan System Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Scanning Process Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Chapter 2 Starting the iScan System. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13
Procedure Summary. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Powering Up the iScan Reader . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Powering Up the iScan System Computer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Starting the iScan Control Software. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Reinitializing the iScan Reader. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Using LIMS with the iScan System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Enabling and Disabling LIMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Adding a LIMS Server . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Removing a LIMS Server . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Chapter 3 Loading BeadChips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .21
Procedure Summary. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Cleaning a BeadChip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Loading BeadChips onto a Carrier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Loading a Carrier into the iScan Reader . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Rescanning Barcodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30