Platform LSF Administration Guide Version 6.2

Contents
Administering Platform LSF
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24 Job Requeue and Job Rerun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385
About Job Requeue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386
Automatic Job Requeue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387
Reverse Requeue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 388
Exclusive Job Requeue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 389
User-Specified Job Requeue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 390
Automatic Job Rerun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391
25 Job Checkpoint, Restart, and Migration . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393
Checkpointing Jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 394
Approaches to Checkpointing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 395
Creating Custom echkpnt and erestart for Application-level Checkpointing . 396
Checkpointing a Job . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 399
The Checkpoint Directory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 400
Making Jobs Checkpointable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401
Manually Checkpointing Jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 402
Enabling Periodic Checkpointing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 403
Automatically Checkpointing Jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 404
Restarting Checkpointed Jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 405
Migrating Jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 406
26 Chunk Job Dispatch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 409
About Job Chunking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 410
Configuring a Chunk Job Dispatch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 411
Submitting and Controlling Chunk Jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 413
27 Job Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 415
Creating a Job Array . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 416
Handling Input and Output Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 418
Redirecting Standard Input and Output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 419
Passing Arguments on the Command Line . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 420
Job Array Dependencies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 421
Monitoring Job Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 422
Controlling Job Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 424
Requeuing a Job Array . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 425
Job Array Job Slot Limit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 426