User`s manual

iii
Chapter 4. Software Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
Reviewing Keypad Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Use of the Keys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-3
A Close Look at the Main Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-4
Selecting a Function. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
An Overview of PCR Programs and Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6
Linking Programs in a PCR Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6
Storing Programs and Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-7
The HOLD Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-8
CYCL: The Cycle Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-10
The AUTO Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-12
PCR Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-14
Chapter 5. Setting Up PCR Programs and Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
Setting Hold Times on the GeneAmp
®
PCR System 9600 . . . . . . . 5-2
Editing Keys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-8
Creating and Editing Programs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-9
Creating a Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-10
Storing the Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-11
Editing a Program. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-13
Printing a Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-16
Creating and Editing Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-17
Creating a Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-18
Storing the Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-21
Editing a Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-23
Printing a Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-25