User guide

Contents
System User Guide
D5033331 A
AB SCIEX TripleTOF
®
5600/5600+ Instruments
5 of 116
Show a Spectrum from a TIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69
Generate XICs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69
Generate BPCs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .72
Generate XWCs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .74
View DAD Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .74
Generate TWCs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .74
Adjust the Threshold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .75
Data Processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .77
Graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .77
Zoom in on the y-axis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .79
Zoom in on the x-axis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .79
Chapter 7 DuoSpray™ Ion Source User Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
Introduction to the Ion Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .83
Probes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .84
Gas and Electrical Connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .86
Ion Source Latch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .86
Source Exhaust System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .86
Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .87
Install the Probe in the Ion Source Housing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .87
Install the Ion Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .88
Connect the Sample Tubing and Cables for Sample Introduction with
the TurboIonSpray Probe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .88
Connect the Sample Tubing and Cables for Sample Introduction with
the APCI Probe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .89
Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .89
Optimize the TurboIonSpray Probe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .90
Optimize the APCI Probe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .92
Maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .95
Clean the Probes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .95
Remove the Ion Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .96
Remove the Probe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .96
Clean the Electrode Tube . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .97
Adjust the Electrode Tip Extension . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .98
Remove the Corona Discharge Needle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .99
Replace the Sample Tubing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .100
Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .101
Consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .102
Chapter 8 Cleaning and Maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Health and Safety Precautions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .103
Clean the Surfaces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .104
Empty the Drain Bottle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .104
Front-End Cleaning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .105
Best Practices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .106
Prepare for Routine Cleaning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .107
Clean the Curtain Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .108
Clean the Front of the Orifice Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .109
Put the Instrument Back into Service . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .109