User guide

Contents
AB SCIEX TripleTOF
®
5600/5600+ Instruments
4 of 116
System User Guide
D5033331 A
Chapter 3 Instrument Tuning and Calibrating. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Required material . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39
Prerequisites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39
Optimize the Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .39
Chapter 4 Basic Acquisition Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Create an Acquisition Method using the Method Wizard . . . . . . . . . . . . . . . . . .41
Create Acquisition Methods using the Acquisition Method Editor . . . . . . . . . .42
Add an Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43
Add a Period . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43
Copy an Experiment into a Period . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43
Copy an Experiment within a Period . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43
Scan Techniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Single Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Quadrupole-Based Single Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Time-of-Flight Single Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Tandem Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
Product Ion Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45
Precursor Ion Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45
About Spectral Data Acquisition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45
About Instrument Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45
Acquisition Method Editor Icons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49
Chapter 5 Batches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Create and Submit a Batch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51
Set Queue Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51
Add Sets and Samples to a Batch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53
Set up Sample Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .54
Submit a Sample or a Set of Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .55
Change Sample Order . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .55
Acquire Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .55
Set Sample Locations in the Batch Editor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .56
Select Vial Positions using the Locations Tab (Optional) . . . . . . . . . . . . . . . . . .57
Stop Sample Acquisition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .57
Batch and Acquisition Method Editor Tips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .58
Batch Editor Right-Click Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .58
Queue States and Device Status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59
Queue States . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59
View Instrument and Device Status Icons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .60
Queue Right-Click Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .62
Chapter 6 Analyzing and Processing Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Open Data Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .65
Navigate Between Samples in a Data File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .65
Show Experimental Conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66
Show Experimental Data in Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .67
Show ADC Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .67
Show Basic Quantitative Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .68
Chromatograms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .68
Show TICs from a Spectrum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69