User guide

System User Guide
D5033331 A
AB SCIEX TripleTOF
®
5600/5600+ Instruments
3 of 116
Contents
Safety and Regulatory Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
General Safety Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
Symbols and Conventions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
Qualified Personnel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .8
Equipment Use and Modification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .8
Shipping Crate Labels and Indicators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9
Regulatory Compliance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
Australia and New Zealand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
Canada . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
Europe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
United States . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
International . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .11
Symbols and Labels on the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .11
Occupational Health and Safety Symbols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13
Mains Supply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .14
Laboratory Ventilation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15
Environmental Conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15
Instrument Disposal (Waste Electrical and Electronic Equipment) . . . . . . . . . . .16
Chapter 1 System Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Theory of Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .17
Data Handling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .17
System Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .18
Dress Panel LEDs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20
Start Up the System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20
Shut Down the System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .21
Use the Integrated Syringe Pump . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .22
Edit the Hardware Profile for the Integrated Syringe Pump . . . . . . . . . . . . . . .22
Adjust the Integrated Syringe Pump Position . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .23
Configure the Integrated Syringe Pump . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25
Reset the Syringe Pump . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26
Instrument Safe Fluids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26
Chapter 2 Hardware Profiles and Projects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Sample Workflows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27
Hardware Profiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .29
Create a Hardware Profile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .29
Add Peripheral Devices to Hardware Profiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .33
Troubleshoot Hardware Profile Activation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .34
Create Projects and Subprojects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .35
Create a New Subproject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36
Copy a Subproject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36
Switch Between Projects and Subprojects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .37
Installed Project Folders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .37
Back up the API Instrument Project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .38