User guide

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Fragment Library Preparation Using the AB Library Builder
™
System: 5500 Series SOLiD
™
Systems User Guide
Contents
APPENDIX A Ordering Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Required Applied Biosystems reagent kits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Required Applied Biosystems reagent kits for automated
liquid-handling systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Required equipment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Optional equipment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Replacement parts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Required consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Optional consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
APPENDIX B Supplemental Procedures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Load and unload Covaris
®
microTUBE vials from the Covaris
®
microTUBE holder . . . . . . 47
AB Library Builder
™
System operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
(Optional) Size-select and pool libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Quantitate the DNA with the NanoDrop
®
ND-1000 Spectrophotometer . . . . . . . . . . . . . . . . 55
APPENDIX C Supplemental Background Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Why prepare fragment libraries? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Preparing fragment libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Sequence orientation from source DNA to sequence map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
APPENDIX D Library Construction Oligonucleotide Sequences . . . . . . . . . . . . . 63
PCR Primer and adaptor sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
Barcoded adaptor sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
APPENDIX E Checklist and workflow tracking form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Workflow checklists: prepare a standard or express fragment library with the
AB Library Builder
™
System Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Workflow tracking: prepare a standard or express fragment library with the
AB Library Builder
™
System Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
APPENDIX F Safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
General chemical safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
SDSs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Chemical waste safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Biological hazard safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Documentation and Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Related documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Obtaining support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81